Por vários anos, muitos usuários reclamaram por não ser possível apagar os aplicativos nativos do iOS que acompanham o sistema de fábrica, sendo que o próprio Tim Cook reconheceu abertamente o problema e disse que estavam trabalhando em uma solução. Agora, com o iOS 10, vários dos aplicativos do sistema se tornaram opcionais, ou seja, podem ser apagados como qualquer outro aplicativo baixado.
É claro que nem todos os aplicativos podem ser removidos, como é o caso do Ajustes, App Store e Telefone, já que são essenciais para o funcionamento do sistema, porém a maioria deles agora é opcional, incluindo o Calendário, Tempo, Mapas, Vídeos, Notas, Bolsa, iTunes Store, Música, Mail e Watch. Depois de apagados, os aplicativos podem ser baixados novamente pela App Store.
Apesar da Apple não ter confirmado nada, é bem provável que os aplicativos agora podem ser atualizados separadamente. Até então, era necessário liberar uma nova versão do iOS para que a Apple pudesse corrigir problemas específicos de um determinado aplicativo, algo que deve mudar com o iOS 10.